胃肠外科成立于1992年，前身为普外科胃肠外科专业及市肿瘤研究所胃肠肿瘤研究室。学科整体水平达省内、市内先进水平,部分技术处于省内先进水平。科室是江苏省临床重点专科、连云港市临床重点专科，是蚌埠医学院硕士学位培养点，江苏省重点专科培育项目。是江苏省人民医院徐泽宽教授名医工作室，江苏省人民医院减重代谢中心连云港分中心。
科室现有医护27人，主任医师4人、副主任医师3人，博士学位3人、硕士学位9人，硕士研究生导师1人、江苏省六大高峰人才1名、江苏省“333高层次人才培养工程”培养对象1名、连云港市“521高层次人才培养工程”培养对象3名、连云港市医学领军人才1名、医学重点人才1名、享受连云港市政府津贴专家1名。
科室以胃肠外科疾病诊断和治疗为主导，微创外科技术为主要特色,以胃肠肿瘤标准化、规范化根治手术为主要标志和优势，市内率先开展腹腔镜下结直肠癌根治术，率先引进加速康复外科理念并用于临床实践和推广，促进患者手术后快速康复，市内率先成立并常态化开展胃肠肿瘤多学科诊疗（MDT），为患者制定个体化、规范化治疗方案。危重病人抢救成功率95%以上。